据台湾媒体如ETtoday新闻云、《镜周刊》和《联合报》的综合报道，台湾国安会秘书长吴钊燮在担任外交部长期间的助理何仁杰，因涉嫌为大陆间谍被拘押并禁止会见。案件于4月12日（星期六）上午侦讯结束后，法院批准了检调专案小组的羁押申请。
检调单位在调查总统府相关大陆间谍案件时，发现何仁杰疑似被吸收为间谍。据信，他可能通过中间人将外交部的关键情报传递给大陆情治人员。早在4月10日（星期四），检调人员已悄然展开搜索行动，并将何仁杰拘提到案接受讯问。由于其涉嫌违反《国安法》，且存在串供及销毁证据的风险，检方遂向法院申请将其羁押禁见。
近期，台湾绿营内部的多处机构接连被曝出渗透事件，涉及范围包括总统府、外交部、立法院长办公室以及民进党中央，共有五人牵涉其中。此前，第一波案件涉及立法院长游锡堃的助理盛础缨，疑因接受大陆资金并泄露立法院机密，以20万元新台币（约8145新元）交保。第二波案件则牵涉总统府前咨议吴尚雨、民进党民主学院前副主任邱世元及新北市议员李余典的特助黄取荣，三人均已被收押。而何仁杰的案件则是第三波曝光的事件。
针对近期频发的大陆间谍案，台湾总统府发言人郭雅慧于4月2日表示，总统府不会就具体个案或特定政治人物发表评论，但强调任何人若背叛台湾、从事损害民众利益的渗透或统战行为，均应受到最严厉的惩处。总统府立场坚定，无论党派或身份，一律依法严办，绝不姑息。她还指出，大陆对台渗透和统战的威胁日益加剧，强化国安相关法制已迫在眉睫，呼吁朝野各党派团结一致，共同应对来自威权的挑战。